当庭否认部分被指控事实
12月9日9时30分，此案在南昌中院第一审判庭正式开庭。当天，周文斌带着深色框架眼镜，灰色西装外套内穿着白色衬衫及黑色毛衣。在被法警带上被告席时，周文斌还面带微笑和昔日同事打招呼。
记者在现场看到，可容纳数百人的庭审现场座无虚席。除了周文斌的家属到庭旁听以外，省市人大代表、政协委员、部分省内高校负责人以及南昌大学学生等共300余人，也到庭旁听了案件审理情况。
起诉书称，案发后，办案机关已依法扣押周文斌赃款人民币1736万余元、港币10万元、卡地亚手表一块以及IPAD MINI平板电脑一部等财物。但对于公诉人所说的办案机关已依法扣押周文斌赃款人民币1736万余元，周文斌表示，其中仅有小部分与本案有关，其它均与本案无关。
在法庭调查阶段，周文斌对公诉人所指控的绝大部分事实表示否认：“第一类工程承包商中的8个案子41起、共受贿2145万元人民币全都是没有的，一分钱都没有。只能说30万元港币中有10万元港币，当时林某某在香港给我港币的时候并没有具体的请托事项。”
周文斌所指的10万元港币系公诉人指控其受贿罪中的第一条，即在2004年至2010年，林某某分别以多家公司名义承接了南昌大学艺术与设计学院、人文与法学院教学楼、国际交流中心、学生公寓等工程，为感谢周文斌在工程承接、工程款支付、审计、结算等方面的关照，林某某送给周文斌现金共计人民币410万元、港币30万元。
除了工程承包商外，检察机关还指控周文斌收受部分校内下属为得到提拔、重用等给其送的财物。对此，周文斌称：“该部分指控的128万元总体上是有的，但不认为这部分钱属行贿，而是单位年节福利，严格来说我不应该收，但我不认为这是受贿。而除了福利以外，还有讲课费、出国公杂费、加班费、监考费等。”
