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洞庭湖里生活着3支麋鹿族群
在历史上，洞庭湖流域曾经是麋鹿的重要栖息地，后来由于捕猎等种种原因灭绝殆尽。
1998年，长江流域发生百年不遇洪水，湖北石首天鹅洲麋鹿自然保护区被洪水冲毁围栏，圈养在内的若干麋鹿逃了出来，来到了江水相隔的东洞庭湖。当时，在长江南岸及东洞庭湖区域多次发现了麋鹿活动的踪迹。
之后，陆续有一些关于麋鹿活动的目击和报告。2006年初，一只麋鹿误入采桑湖附近养殖珍珠的水池中，脚被池中网绳缠住而不幸淹死。
直至2006年下半年，采桑湖管理站和红旗湖管理站的工作人员陆续接到渔民和割苇工人的报告：在保护区核心区域红旗湖发现麋鹿10余只，在缓冲区新洲芦苇场和东洲芦苇场发现麋鹿30余只。
2008年2月起，采桑湖管理站开始了麋鹿专项野外调查，并于隔年在注滋河口北岸发现一个种群数量27只的小麋鹿群，并拍摄到清晰照片。2010年3月，保护区小西湖区域还发现1雄3雌共4只麋鹿，推测可能因其活动区受到芦苇收割的干扰而游荡至此。
尽管专项调查取得了一定的成果，但麋鹿栖息地人迹罕至，地面泥泞难行，往往是在大片茂密的芦苇丛中，再加上麋鹿反应灵敏、奔跑快速，所以调查进行得十分艰难。
现在能够初步确认的是，目前栖息在东洞庭湖保护区内的麋鹿至少有三个族群，个体总数在50-60只之间，主要栖息区域为注滋河口北岸至黄花尖、下黑嘴一带，也即注滋河注入洞庭湖的河口地区；此外红旗湖区域也有分布。
注滋河是藕池河的一条分支，而作为“长江三口”之一的藕池口，则连通了洞庭湖和长江；因此注滋河从江水中带来大量的泥沙，每年不断抬高洞庭湖湖床，在洞庭湖形成了大面积的淤积洲滩。洲滩上的优势植物有芦苇、日本三蕊柳(鸡婆柳)和苔草，此外洲滩附近有较丰富的水生植物。正是这种淤积而成的、长有丰富植被的河口洲滩，为麋鹿提供了活动、觅食和繁殖的适宜场所，成为了麋鹿种群能够存续的重要栖息地。
